生物信息学
植物营养学术交流

在ubuntu下搭建转录组分析平台

植物基因组目录

中国春的基因组
https://urgi.versailles.inra.fr/download/iwgsc/
相关介绍:https://wheat-urgi.versailles.inra.fr/Seq-Repository/Assemblies
International Wheat Genome Sequencing Consortium(IWGCS):https://www.wheatgenome.org/

 

转录组软件目录

trinityrnaseq
https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/wiki

CD-HIT
http://weizhongli-lab.org/cd-hit/

cufflinks
http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/

tophat
https://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml

 

bioconda使用方法

上述生信软件大多数可以用bioconda安装在虚拟环境中,便于管理

bioconda切换源
http://blog.sciencenet.cn/blog-623545-1077088.html
conda命令使用方法
https://zhuanlan.zhihu.com/p/22678445

 

Ubuntu系统设置

Ubuntu切换软件源
https://segmentfault.com/a/1190000008459472
利用proxychains在终端使用socks5代理(参考链接)

  1. proxychains安装
  2. 编辑proxychains配置
  3. 将 socks4 127.0.0.1 9095 改为你的vpn端口,比如 socks5 127.0.0.1 1080
  4. 使用方法
    在需要代理的命令前加上 proxychains4 ,如:

在ubuntu内调整分区
使用Gparted,安装方法:apt install Gparted
解决virtualbox共享文件夹问题
http://blog.csdn.net/longintchar/article/details/63252812

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