生物信息学
植物营养学术交流

系统发育树可视化工具:Figtree & ETE Toolkit

ETE Toolkit    ETE Toolkit是一个由EMBL(欧洲分子生物实验室)提供的树文件处理和可视化的包。在本项研究中,ETE Toolkit被用来完成Qiime产生的newick格式的系统发育树的可视化。这个包官方没有适配Windows,需要使用pip安装源代码。此外,还需要PyQt4、lxml和six三个依赖包。

pip安装代码示例:

pip install PyQt4

pip install lxml

pip install six

pip install –upgrade ete3

ete3 upgrade-external-tools

代码示例

可以先改好树文件leaf的名字

 

 

成品图片如下

figtree 软件界面长这个样子,下载链接,直接加载newick格式的tree文件,就可以在里面画图了

这个软件的缺点是没办法批量修改数据,不像ete那样直接写代码自由度那么高。

成品图如下

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