生物信息学
植物营养学术交流

不同分类级别的物种丰度t检测脚本

在土壤细菌群落的研究中,有时我们也需要关注不同分类等级上物种序列丰度的差异。于是,我们根据这个思路,开发了不同分类层次下的序列丰度统计,差异检测,并分级聚类的脚本。

该Python脚本的思路是统计各分类层次下,各样本中包含的不同种类序列的数量,然后再调用Scipy包进行t检测,过滤出CK和OM两个处理间具有显著差异的分类,最后调用Biopython和Pygraghviz以及NetworkX将有从属关系的分类联系起来,从而进行聚类,并用Graghviz的布局将产生的关系图可视化

运行结果(放大后)

两个分类在下属的分类层次中,CK和OM两个处理间具有较大差异。查询生成的classes_passed_test3.txt文件可知,在407个不同等级的分类的序列丰度上具有显著差异,在这些具有差异的分类中,这两个中心分别为D_0__Bacteria D_1__Proteobacteria D_2__Gammaproteobacteria D_3__Xanthomonadales(黄色单胞菌目)和D_0__Bacteria D_1__Actinobacteria D_2__Actinobacteria D_3__Micrococcales(微球菌目),二者的相对平均丰度如表3所示。这两个种类的丰度均为OM的更高。

表4 差异物种丰度信息

种类名称 中文名 平均相对丰度(%)
CK OM
D_0__Bacteria D_1__Proteobacteria D_2__Gammaproteobacteria D_3__Xanthomonadales 黄色单胞菌目 4.523% 6.597%
D_0__Bacteria D_1__Actinobacteria D_2__Actinobacteria D_3__Micrococcales 微球菌目 2.577% 3.160%
赞(0)
转载请联系:superxyz@qq.vip.com南农肥料网 » 不同分类级别的物种丰度t检测脚本

评论 抢沙发

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址

南农肥料网,为您提供最贴心的服务

欢迎关注知乎主页欢迎关注github主页