生物信息学
植物营养学术交流

利用ss和kcp对NCBI数据库ftp访问进行加速

ss和kcp大家都应该懂得是啥。

不知道的人可以看这里,人家写好的ss和kcp的安装方法

想要下载ncbi的数据库里面的序列文件,你首先得安装一个ftp软件,推荐FileZilla

打开ftp软件,输入ncbi的ftp地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/,像这样,直接点快速连接就可以了。

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然而你会发现,这样连接会很卡,下载速度会很慢,非常的尴尬。

而直接打开NCBI的官网也会很卡,也非常的尴尬。

这就需要打开你的ss软件和kcp客服端了,这两个软件的配置方法已经在文章开头的链接给出。在开启代理后访问NCBI官网会非常的流畅。然而你会发现ftp客服端依然很卡。这是因为ftp客服端默认是不会走你设置的代理线路的。

只需稍加设置。在菜单栏→编辑→设置→通用代理,那里选socks5,代理主机:127.0.0.1,代理端口:1080。

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如果开启了kcp加速的话,基本带宽可以跑满。这样就可以愉快的在NCBI的ftp服务器上面下载数据啦。

非常nice。

另一种更快的方法:

使用速铂Aspera下载NCBI数据

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