生物信息学
植物营养学术交流

利用biopython给fastq文件添加标签基因并合并fastq文件

测序公司只给了几个样的没有标签基因和引物基因的测序文件,不能直接进到qiime里面分析,于是我就写了个python脚本,自己做了一个Fasting_Map_list.txt,来解决这个问题

代码奉上:

运行效果:

没有多线程优化,不过速度也蛮快的,我i7的笔记本,十几秒就搞定了,生成了300多m的fastq文件。

至于那个map文件,因为测序公司给的说明文件是excel的,所以我用excel改了下,然后导出为制表符分割的txt就OK了,map文件的要求见,qiime官网:http://qiime.org/documentation/file_formats.html#demultiplexed-sequences

很nice

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